Clara
Es la hija menor de los del Valle, es el personaje femenino principal. De niña comienza a escribir lo que acaece en unos cuadernos. Estos cuadernos son la fuente principal utilizada por Alba para recuperar la historia familiar. Cuando alba está a punto de morir, Clara se le aparece y la impulsa a sobrevivir mediante la escritura para testimoniar lo sucedido. Su nombre señala uno de sus atributos: la clarividencia. Desde niña mueve objetos con la mente, interpreta los sueños, se comunica con los espíritus, predice el futuro… Ya a los diez años predijo la muerte por error de Rosa. Deja voluntariamente de hablar, posiblemente porque su predicción no impide la desgracia, vive aislada del mundo. Rompe su silencio para decir que se va a casar con Esteban Trueba, el antiguo novio de Rosa. Aunque este matrimonio no es por amor, acepta su destino de clase. La relación entre ambos se va a caracterizar por el intento de Esteban de poseer a Clara en todos los aspectos, y la facilidad de ésta para evadirse. Representa un mundo dominado por la espiritualidad, la creatividad y el instinto femenino. Indiferente de lo terrenal, no conoce a veces ni a su marido. Clara reconoce la necesidad de una verdadera justicia social, ayuda a los necesitados sin establecer diferencias de clase. Ella intenta concienciar a las campesinas sobre sus derechos. Mientras Esteban Trueba queda inmovilizado por el derrumbe de casa debido al terremoto, tiene que ocuparse de la hacienda. Ella marca el inicio del deterioro de su matrimonio, que culmina en el momento en que defiende a su hija al ser descubierta con su amante y se enfrenta a su marido, por lo que es agredida violentamente. Por este motivo dejo de hablarle.Pero también, como esposa de Esteban, ejemplificando el papel tradicional de la mujer, ya que, a pesar de no dirigirle la palabra, lo acompaña en las reuniones sociales para dar la imagen de familia de un hombre que se presenta como senador del partido conservador. También se ocupa de la educación de su hija. Alba es la única consciente de que su abuela sostiene espiritualmente la casa. A ella le explica que la muerte es un cambio, una vuelta a los orígenes y que seguirá con ellos. Y así sucede, en espíritu continúa en la casa acompañando a Trueba hasta su muerte y se aparece a su nieta en la cárcel animándola a sobrevivir.
Blanca
Hija de Clara y Esteban. Físicamente se parece al padre, de la madre le proviene la dulzura. Es tímida y melancólica, con tendencia la soledad. En el campo, unida desde el primer día a Pedro Tercero, cambia por completo. Para Esteban Trueba el destino de su hija correspondo a la mujer de sociedad patriarcal. Pero ella se rebela contra ese destino. Su amor por Pedro Tercero revolucionario y de una clase social inferior, la lleva a enfrenarse con su padre
con una voluntad y tenacidad que recuerdan al propio Esteban. Tras quedar embarazada, su padre le obliga a casarse con el conde y los envía lejos de casa, a la que vuelve huyendo, escandalizada, de las orgías del conde con los criados, a punto de dar a luz para proteger a su hija. A partir de ese momento, se ocuparía de la casa y de las cuentas. La ruptura se produce ante el ultimátum que le plantea Pedro. Retoman la relación cuando Blanca le pide que rescate a su padre. Después del golpe de Estado, Esteban facilita el exilio de ambos.
Alba
Hija de Blanca, la más joven de la saga femenina, rescata la historia familiar del olvido y la reconstruye. Su nombre es elegido por su madre y por su abuela. No hereda la belleza física de las mujeres de la saga salvo el pele verde de Rosa. Su nacimiento está rodeados de signos positivos.
Al igual que su abuela Clara, vive aislada y protegida en la casa familia durante los primeros años de su vida.
Estudia Filosofía y en la universidad conecta con grupos políticos. Allí conoce a Miguel, del que se enamora. Este amor convierte a Alba en una mujer comprometida y la impulsa a ayudar a los perseguidos por la represión. Es detenida, torturada y violada por Esteban García. Finalmente, embarazada, espera el regreso de Miguel eligiendo la vida y no el odio. Se presenta como la heroína: su actitud simboliza la esperanza para el país.
Esteban Trueba
Es el protagonista masculino, representante de la oligarquía latifundista, presente desde el inicio hasta el final de la novela. Lo caracterizan desde la niñez los siguientes rasgos: por una parte, esfuerzo, voluntad, decisión, tenacidad y trabajo ante los obstáculos; por otra, ambición, afán de poder, orgullo y mal carácter; y finalmente, dificultad para expresar afecto y sentimiento de soledad. Su niñez y juventud están marcadas por las dificultades económicas y por la larga enfermedad de su madre. Es un hombre que se hace a sí mismo a través de una voluntad que aumenta con los obstáculos. El deseo de posesión es el motor que impulsa sus acciones. Se enamora de Rosa nada más verla y se convierte en su novio. Consciente que el principal impedimento para el matrimonio es su pobreza, se propone para enriquecerse explotando una mina de oro en condiciones muy duras. Ante la desesperación por la muerte de Rosa, se marcha a la antigua hacienda abandona y la convierte, con la misma perseverancia y esfuerzo que demostró en la mina, en un fundo próspero.Al hacerse rico, Esteban adopta la postura inflexible y conservadora de los latifundistas que se consideran dueños de los inquilinos que trabajan sus tierras. El ejercicio de la violencia se pone de manifiesto, en la primera etapa de Las Tres Marías, sobre todo, a través de sus numerosas violaciones. Nadie osa hacerle frente atemorizado antes sus coléricas reacciones. Esteban Trueba, como los otros patronos, actúa con total impunidad ante la pasividad de las autoridades. Además, vela para que las ideas comunistas no entren en sus fundos. En una segunda fase, amplía negocios, se traslada a la ciudad y entra en la política. Es elegido senador.Como padre y esposo, actúa de la misma forma, en su intento de que todos se sometan a su voluntad. A pesar del amor que siente su mujer, es incapaz de darle afecto y la persigue con el deseo de poseerla y dominara. Por eso fracasa constantemente con Clara y solo se reconcilia con ella cuando su muerte impide su posesión. También se considera un buen padre aunque la relación con sus hijos es conflictiva ya que actúa de forma violenta para mantener su posesión de patriarca. Su falta de control se presenta cuando las personas o los acontecimientos no se ajustan a sus expectativas. Pero el episodio de violencia que lo separa definitivamente de su familia es la paliza que le propina a Blanca al descubrir, a través del conde, de sus escapadas al rió. Paradójicamente, el castigo de Esteban por utilizar la violencia para frenar los cambios que producen no va a ser la soledad, sino convertirse en victima de la opresión por él mismo generada, a través de la muerte de su hijo y la violación de su nieta e la que se solapan como causantes de la represión y la venganza personal del nieto ilegitimo. En ese sentido, el personaje se humaniza: muere en brazos de su nieta, la única de la familia a la que siempre había mostrado afecto.